Entretien avec Dr Nicolas BENECH, Hôpital de la Croix Rousse (Lyon)
En tant qu'internes en hépatogastroentérologie, l'infection à Clostridioides difficile (ICD) reste un enjeu clinique majeur, tant par sa prévalence que par le risque élevé de récidive et ses formes sévères.
L'ICD est la 1° cause de diarrhées nosocomiales dans les pays industrialisées et est responsable de 10 à 25 % des diarrhées post-antibiotiques (ATB). La mortalité de l'ICD non compliquée est de 0,6 à 1,5 % mais peut monter à plus de 30 % en cas de forme sévère (1,2).
Le Dr Nicolas Benech, gastroentérologue à l'Hôpital de la Croix Rousse, nous livre son point de vue sur les évolutions récentes, en lien avec la pratique hospitalière et les données scientifiques.
Définition des ICD (3,4)
Dr Benech, quelle est aujourd'hui l'évolution de l'épidémiologie de l'infection à C. difficile ?
Dr Benech.- L'incidence globale est plutôt stable en France actuellement. L'épidémiologie actuelle est marquée par l'émergence de cas d'ICD communautaire sans facteur de risque identifié. En effet, 50 % des ICD sont diagnostiquées en ville et 30 % d'entre elles n'ont pas de facteur de risque identifié. En un mot, il faut y penser tout le temps devant un épisode de diarrhée aiguë présumée infectieuse non résolutive en 48h (5, 6, 7).
Quels sont les principaux facteurs de risque à connaître en 2025 ?
Dr Benech.- L'ICD est une maladie de l'écosystème intestinal lié à une modification du microbiote (8).
Les grands facteurs de dysbiose restent valables comme l'âge (plus de 65 ans), une antibiothérapie récente (notamment les céphalosporines, la clindamycine, les quinolones, les carbapénèmes), une hospitalisation prolongée (9). Des facteurs liés à l'hôte sont parfois retrouvés comme une immunodépression, des antécédents de chirurgie abdominale, les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI).
À noter que la prise d'IPP doit toujours être questionnée puisqu'il s'agit d'un facteur de risque associé à la survenue et à la récidive d'ICD.
Quelle stratégie diagnostique recommandez-vous en 2025 ?
Dr Benech.- Le diagnostic d'ICD doit reposer sur la présence de signes cliniques évocateurs et sur la réalisation de tests biologiques (4). Le consensus actuel est de privilégier une approche en deux étapes :
1. On commence par un test de dépistage très sensible avec recherche de la toxine, soit par test PCR ciblant le gène codant la toxine de CD soit par test immuno-enzymatique (GDH EIA). Ces tests permettent de confirmer la présence de C. Difficile dans les selles. Ils présentent une très grande sensibilité permettant l'identification des patients porteurs de CD toxinogène.
2. Ensuite, on réalise une recherche de toxines libres A/B par technique immuno-enzymatique, confirmant la présence de toxines libres produites au sein du tractus digestif et donc d'une ICD en présence de signes cliniques. À noter que la sensibilité de ce test est plus faible et dépendante des conditions de recueils des selles. Sa négativité n'exclut donc pas forcément le diagnostic d'ICD, surtout en cas d'initiation récente d'une antibiothérapie anti Clostridioides (10). Dans ces cas-là, si la PCR est positive mais que la toxine est négative, on doit interpréter le résultat avec précaution : il peut s'agir d'une simple colonisation ou d'un portage asymptomatique, notamment en cas d'ICD récente (inférieur à 6 mois).
La corrélation clinico-biologique est donc essentielle :
- Présence de diarrhée aqueuse vraie (supérieur ou égale à 3 selles liquides depuis au moins 48h).
- Absence d'autre cause évidente de diarrhée.
- Test microbiologique positif.
La réponse au traitement anti-CDI peut finir de confirmer le diagnostic d'ICD en cas d'incertitude et d'un retentissement important de la diarrhée.
Plusieurs possibilités lors des tests diagnostiques
Quelles sont les recommandations actuelles en première ligne thérapeutique ?
Dr Benech.- En 2025, la fidaxomicine est le traitement de première intention pour les formes non sévères (11, 12).
Il s'agit d'un antibiotique topique bactéricide temps dépendant qui présente un spectre d'activité très étroit permettant une forte épargne du microbiote. Son taux de succès à J10 avoisine les 90 %.
De plus, elle permet une réduction significative des récidives (47 %) dans les 4 semaines. Les taux de récidive en cas de prise d'ATB concomitante sont également moins importants. Enfin, ce bénéfice était particulièrement identifiable dans la population de patients avec un cancer.
La vancomycine orale reste une alternative valable, notamment en cas de limitation d'accès à la Fidaxomicine (13).
En pratique, ces deux molécules nécessitent une ordonnance hospitalière et ne sont délivrées qu'en rétrocession par une pharmacie hospitalière.
À noter que le bezlotoxumab, anticorps monoclonal ciblant la toxine B, n'est plus commercialisé depuis juillet 2025, suite à une décision commerciale du laboratoire. Enfin, le métronidazole n'a, en théorie, plus sa place dans la stratégie thérapeutique d'une ICD en France en 2025 au vu de son plus faible taux d'efficacité et de prévention de la récidive. Si débuter un traitement par métronidazole en ambulatoire chez un patient avec une ICD qui n'aura pas accès à une pharmacie hospitalière dans les 24h peut rester licite, il faut considérer systématiquement un relai par vancomycine ou fidaxomicine dès que possible.
Vous retrouverez un tableau récapitulatif des recommandations européennes et américaines en fin d'article.
Qu'en est-il des récidives ? Quand envisager une transplantation de microbiote fécal (TMF) ?
Dr Benech.- Une récidive d'ICD est définie par un nouvel épisode clinique survenu après résolution du précédent, dans les 2 mois après l'arrêt du traitement anti-Clostridioides. Il traduit la persistance d'un écosystème intestinal propice à la germination et la production de toxine par le C. difficile. Les taux de récidive d'une ICD varient de 20 % après un 1er épisode à plus de 60 % après 3 épisodes (2 récidives) ou plus (9).
Les traitements validés pour une 1° récidive dépendent du risque de récidive ultérieur.
On peut proposer un changement de traitement entre FIDAXOMICINE et VANCOMYCINE en fonction du traitement utilisé lors du premier épisode. Ces molécules peuvent être administrées avec des schémas alternatifs (NDR : voir page suivante). On optera pour cette option en cas d'absence de risque de récidive, notamment chez un patient jeune sans comorbidité.
Une autre alternative possible est la transplantation de microbiote fécal (TMF). En effet, dans certaine population à haut risque de récidive, la TMF a montré son efficacité pour diminuer le risque de récidive dès le 2° épisode avec une diminution de la mortalité chez les sujets de plus de 70 ans (14).
La TMF a été validée est aujourd'hui par ailleurs le traitement de référence dès la 2° récidive d'ICD. Les taux de succès retrouvés en pratique clinique sont supérieurs à 80 % (15) avec une excellente tolérance (inférieur à 1 % d'effets indésirables graves. Son efficacité est majorée en cas de répétition d'administration de TMF (jusqu'à 90 % après la deuxième TMF). Ces résultats sont bien meilleurs que les résultats obtenus après utilisation de la VANCOMYCINE ou de la FIDAXOMICINE.
Il s'agit donc du traitement de référence après la 2° récidive d'ICD, après traitement conventionnel par
VANCOMYCINE ou FIDAXOMICINE (16, 17). On peut considérer que ne pas proposer la TMF dans cette indication équivaut à une perte de chance pour le patient en France. Il existe différents sites de production de transplants fécaux permettant de couvrir l'ensemble du territoire français. La liste des centres producteurs est disponible sur le site du Groupe Français de Transplantation Fécale (https://www.gftf.fr/76+centres-ryfy-rents.html).
Que pensez-vous des modes d'administration alternatifs de la FIDAXOMYCINE et de la VANCOMYCINE ?
Dr Benech.- Deux modes d'administration prolongées ont été étudiés :
• Le schéma EXTEND concernant la FIDAXOMICINE : il a été évalué versus VANCOMYCINE à dose standard. Les résultats étaient très encourageant avec un taux de récidive de 6 % au sein d'une population à haut risque de récidive, sans surcoût économique mais il n'y avait de comparaison direct avec le schéma d'administration classique de la fidaxomicine (18).
• La VANCOMYCINE en « tapering » ou schéma pulsé s'étendant sur une durée plus longue de 6 semaines (4). (Les caractéristiques d'administration sont expliquées dans le tableau final).
Le rationnel de ces schémas est de prolonger l'exposition à un antibiotique anti-C. difficile surtout en présence de facteur de risque temporaire de récidive comme l'utilisation d'une antibiothérapie concomitante ou en cas d'enjeu thérapeutique important comme une chirurgie prochaine ou une cure de chimiothérapie.
Ces modes d'administration sont donc utiles et il ne faut pas hésiter à les utiliser, surtout en présence de ces facteurs de risque pour assurer le contrôle du risque de récidive et de la symptomatologie digestive sur un temps prolongé.
Comment traitez-vous les formes sévères et les formes réfractaire ?
Dr Benech.- Les ICD sévères et sévères-compliquées sont une urgence médicale. Il faut hospitaliser rapidement, souvent en soins intensifs. Dans les formes compliquées en réanimation, la VANCOMYCINE PO à forte dose (500mg/6h) associée à du_METRONIDAZOLE IV est le traitement pour lequel on a le plus de recul (4). En cas d'iléus, la vancomycine peut être administrée par sonde rectale de manière additionnelle. Le caractère réfractaire est définie par l'absence de réponse après 5 jours de traitement antibiotique. En l'absence de réponse clinique satisfaisante, un traitement de sauvetage doit être discutée soit par TMF qui a montré une efficacité intéressante en alternative à la colectomie qui elle est associée à un fort taux de mortalité. Ces cas restent rares mais leur mortalité est élevée, de 30 % à 80 % en cas de forme sévère-compliquée (19).
Une approche multidisciplinaire médico-chirurgicale et réanimatoire doit être systématiquement mise en place (20–22). Dans les formes sévères en dehors du contexte réanimatoire, un changement d'antibiotique (vancomycine si fidaxomicine initialement ou inversement) doit être envisagée dans un premier temps.
Prise en charge des ICD sévères, extrait de «_Colites aigües graves bactériennes en l'absence d'immunodépression, N. Benech, 2025, Post-U
En dehors des formes sévère ou sévères-compliquées si la symptomatologie intestinale ne s'améliore pas malgré un traitement anti Clostridioides, la première chose à faire est d'éliminer les diagnostics différentiels, notamment une poussée inaugurale de MICI.
En pratique clinique, quelles sont les modalités d'administration et d'utilisation de la transplantation de microbiote fécal ?
Dr Benech.- Pour résumer, il faut considérer la transplantation de microbiote fécal dans deux grandes indications:
• Comme traitement préventif de la récidive chez les patients à haut risque de récidive. Dès la 1° récidive d'ICD, à discuter au cas par cas ou systématiquement dès la 2° récidive d'ICD (4).
• Comme traitement curatif de « sauvetage » chez les patients présentant une ICD sévère, en association avec les traitements antibiotiques de 1° intention. Les taux de guérison oscillent entre 60 et 85 %. Il s'agit là d'une indication validée et recommandée par différentes sociétés savantes mais à discuter au sein d'équipe médico chirurgicale et avec le centre de TMF régional de votre hôpital (23).
D'après Benech N, Sokol H. La transplantation de microbiote fécal en 2025 en pratique.
Hépato-Gastro et Oncologie Digestive 2025 ; 32 : 1-9. doi : 10.1684/hpg.2025.3031
En pratique, la séquence thérapeutique recommandée comporte trois étapes : (i) une antibiothérapie d'au minimum 10 jours par vancomycine per os à 125/6h, (ii) une préparation colique par polyéthylène glycol la veille de la TMF et (iii) l'administration de la suspension fécale elle-même. Un délai de 24 à 72 heures entre la fin de l'antibiothérapie et la TMF est nécessaire.
Par ailleurs, il existe plusieurs modalités d'administration de la transplantation de microbiote fécal. Ces différentes modalités ne présentent pas de différence d'efficacité dans l'absolu et le choix d'une voie d'administration par rapport à une autre dépend avant tout du contexte clinique (24).
• Les gélules orales standardisées ne sont pas à choisir chez un patient présentant des troubles de déglutition étant donné leur taille importante (taille 00) et le nombre de gélules à avaler (une trentaine de gélules).
• Les lavements doivent être administrés chez des patients ne présentant pas de troubles de la continence anale.
• L'instillation par sonde nasogastrique est possible seulement en l'absence d'occlusion digestive ou de hernie hiatale sévère compliquée.
• L'administration de la TMF lors d'une coloscopie est réservée aux situations où une exploration endoscopique est nécessaire par ailleurs.
Au total, la voie d'administration est à discuter au cas par cas en fonction des caractéristiques du patient.
Sur le plan de l'écologie hospitalière, quels sont les meilleurs moyens de prévenir la diffusion de l'infection ?
Dr Benech.- Le moyen le plus efficace de prévenir l'ICD est de limiter l'utilisation des antibiotiques.
Par ailleurs, des mesures d'isolement efficaces doivent être mis en place dès la suspicion diagnostique d'ICD, afin d'éviter les transmissions croisées. Il s'agit d'un isolément spécifique à ICD avec chambre individuelle le lavage des mains systématique au savon doux liquide (pour éliminer les spores), suivi d'une friction avec une solution hydroalcoolique (SHA) pour éliminer les bactéries. De même, le bionettoyage des chambres doit être quotidien et réalisé avec un produit sporicide (par exemple, l'eau de Javel).
La levée des précautions complémentaires doit se faire au moins 48H après l'arrêt de la diarrhée (inférieur à 3 selles liquides par jour), après nettoyage de la chambre (17). À noter, qu'une déclaration ARS est obligatoire en cas de cas groupés (à partir de 2 cas) ou épidémie et/ou ICD sévères (25).
Y a-t-il des conseils pratiques à préconiser après une infection à C. difficile ?
Dr Benech.- La chose importante à savoir est de ne pas réaliser de contrôle microbiologique systématique après l'amélioration clinique de l'épisode. En effet, 50_% des patients guéris ont une PCR toxine B positive à 4 semaines de la fin des antibiotiques. Concernant le rôle des probiotiques, seules certaines formulations ont montré une diminution de risque de récidive d'ICD en cas de prise concomitantes aux antibiotiques mais uniquement en forte quantité et durant une durée prolongée, ce qui est rarement fait en pratique clinique (4). Le niveau de preuve sur l'utilisation de ces préparations restent limitées et leur utilisation systématique n'a pas été retenue dans les dernières recommandations européennes ou américaines sur la prise en charge de l'ICD.
Y a-t-il de nouvelles approches préventives prometteuses ?
Dr Benech.- Des pistes de recherche sont en cours, notamment des médicaments dérivés du microbiote (26) et des thérapies basées sur une immunisation passive avec de nouveaux anticorps monoclonaux anti-toxines en prévention primaire ou secondaire.
Conclusion
L'infection à Clostridioides difficile est une pathologie fréquente, dont le spectre épidémiologique et clinique est très varié. Grâce aux avancées diagnostiques, à l'émergence de nouvelles thérapeutiques ciblées et à une meilleure compréhension du rôle du microbiote, la prise en charge s'oriente vers plus de précision et de personnalisation. L'arrêt du bezlotoxumab_ en 2025 impose de revisiter nos stratégies de prévention des récidives.
En France en 2025, la fidaxomicine doit être utilisée en 1° intention. La TMF, dont l'utilisation est en plein essor, a trouvé sa place en tant que traitement préventif de la récidive dès le 3° épisode mais aussi en tant que traitement curatif d'une ICD sévère, en alternative à la colectomie. Les praticiens doivent connaître les spécialistes de la région référents de la TMF pour faciliter sa mise en place et améliorer la morbi-mortalité de cette infection.
Nous remercions chaleureusement le Dr Nicolas Benech pour cet éclairage précieux, à destination des jeunes gastro-entérologues et de l'ensemble des professionnels impliqués dans la prise en charge de cette pathologie.
Tableau récapitulatif de la prise en charge des ICD
(adapté des recommandations européennes et américaines) (3,4)
ATB = antibiotique, PO = per os, TMF = transplantation de microbiote fécal, TTT = traitement, IV = intra-veineux, ATCD = antécédent, ICD = infectio à C. difficile, FIDAXO = fidaxomicine, VANCO = vancomycine
*Si administration VANCOMYCINE PO impossible = VANCOMYCINE administration locale (lavement toutes les 6H : VANCOMYCINE 500mg à diluer dans 100cc de sérum physiologique, 4 fois par jour 10J)
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Clément ROUSSEAU
Interne en HGE
aux Hospices Civils de Lyon
