L'objectif de cet article n'a pas vocation à remplacer les conseils de votre directeur de thèse, ni à se substituer à l'expérience de vos co-internes et amis plus expérimentés, qui restent des ressources précieuses. D'ailleurs, n'hésitez pas à vous rapprocher de collègues ayant récemment soutenu leur thèse : leur expérience vous permettra de mieux comprendre les défis liés au respect des délais, les obstacles rencontrés et les stratégies efficaces pour les surmonter. Ils pourront aussi vous indiquer ce qu'il vaut mieux éviter… même si, inévitablement, le chemin de la thèse est toujours semé d'embûches.
Il s'agit plutôt d'un guide pratique, conçu pour vous aider à structurer votre démarche et optimiser votre travail. De plus, dans chaque université, des référents et personnels expérimentés sont également disponibles pour vous orienter et partager leurs conseils avisés.
Définir son sujet +++
Définir son sujet de thèse est une étape essentielle : il s'agit de délimiter clairement le périmètre de votre travail. L'une des difficultés, une fois un sujet choisi — qu'il vous intéresse personnellement et/ou qu'il vous ait été proposé par un de vos responsables médicaux — est de ne pas se disperser. La rencontre avec le directeur de thèse est cruciale : elle permet de préciser le domaine d'étude, le calendrier et les moyens qui sont à votre disposition.
Dans le cadre de la réforme du 3e cycle, il est recommandé de définir le sujet et le directeur de thèse avant la fin de la première année d'internat (phase socle) et de planifier la soutenance avant la fin de la phase d'approfondissement. Il est donc important de prendre contact tôt avec les personnes ressources de votre spécialité. Cela dit, pas de panique : entre stages, gardes et obligations personnelles, il n'est pas rare que le sujet de thèse ne se précise que dans les derniers semestres de l'internat.
Pour vous aider à délimiter votre sujet, vous pouvez vous poser toutes ces questions en essayant d'avoir des réponses claires et précises à chacune d'elles.
Quoi : quelles actions à effectuer ? en relation avec quoi ?
Quand : quels délais ? quel planning ?
Qui : qui va réaliser l'action ? qui cela concerne ? pour qui ?
Pourquoi : quels objectifs ? raison d'être ?
Où : lieux ? par où ?
Comment : quels moyens ? Quelles méthodes ? quels supports ?
Une autre possibilité pour cerner au mieux votre sujet, ses thèmes centrées et ses limites, est la carte mentale. La carte mentale consiste en une représentation graphique élaborée par associations d'idées autour d'un sujet. Il s'agit d'un travail de synthèse, de sélection et de classification des idées. Xmind est un outil gratuit et open source pour réaliser des cartes mentales.
Réaliser sa recherche bibliographique
L'objectif de votre recherche bibliographique est d'effectuer une synthèse des connaissances actuelles sur votre sujet. La recherche documentaire portera sur des articles et documents existants, recherchera les interrogations qui restent en suspens dans la littérature. N'oubliez pas d'intégrer les recommandations françaises et internationales qui existent dans le domaine qui vous intéresse.
Trouver les bons mots
Il est utile (voire nécessaire) de traduire sa recherche en langue anglaise, pour ne pas se limiter aux publications françaises.
- De plus, il existe des règles d'écritures dans les outils de recherche :
- Ne pas mettre d'article devant le terme cherché.
- Entrer le terme au singulier et au masculin.
- Éviter les accents.
- Utiliser les opérateurs booléens: les opérateurs logiques permettant d'associer plusieurs termes: AND, OR, NOT/EXCEPT.
Pour trouver les mots clés, on pourra s'aide des «MeSH terms». MeSH est un acronyme pour Medical Subject Headings. Les « MeSH Terms » regroupent l'ensemble des mots-clés descripteurs qui définissent les sujets traités par les articles référencés dans PubMed. C'est un thésaurus biomédical publié et mis à jour tous les ans par la National Library of Medicine. En utilisant les termes issus de ce thésaurus, on maximise les chances de trouver et de ne pas passer à côté de documents pertinents.
On peut retrouver les termes MeSH via HeTOP, le portail terminologique de traduction des termes MeSH.
Les bases de données
Plusieurs bases de données existent et ont chacune leurs spécificités.
Il faudra mener à bien sa recherche bibliographique via des bases de données référençant les articles scientifiques. Chaque outil permet d'interroger des corpus différents de références bibliographiques (couverture géographique, antériorité, types de documents, ...). Pour explorer un sujet, vous devez donc nécessairement interroger plusieurs outils ! En voici un aperçu.
Les moteurs de recherches de vos bilbiothèques universitaires
Grâce à votre université, vous avez tous accès à un moteur de recherche au sein de votre bibliothèque universitaire. Il contient :
- Des références de documents (livres, revues, thèses, ...) comme dans les catalogues classiques.
- L'accès au texte intégral de ressources électroniques auxquelles la BU est abonnée (ebooks, articles scientifiques, ...). Les ressources référencées permettent toutes un accès au texte intégral, contrairement à des bases comme PubMed et le Web Of Science.
De plus, pour accéder aux différents moteurs de recherche qui vont suivre, il est important de se connecter via votre bibliothèque universitaire. En effet, cela vous permettra de bénéficier du résolveur de liens et d'accéder aux textes intégrales (en fonction des abonnements de l'université).
PUBMED, le maître à penser de la médecine
C'est la base de données bien connue des médecins. Elle est spécialisée en sciences médicales. Elle est également gratuite et libre. Une bonne utilisation de PubMed est nécessaire pour être le plus pertinent possible dans sa recherche.
PubMed correspond à l'interface d'interrogation de la base de données Medline. Il contient plus de 33 millions de références bibliographiques provenant de 70 pays, de 1947 à nos jours. 2 000 à 4 000 références supplémentaires sont ajoutées tous les jours. PubMed ne contient que des articles parus dans des revues à comité de lecture, ce qui en fait une base de données scientifiques solides.
Interroger PUBMED efficacement !
Une fois que tu as identifié les termes MeSH adaptés à ton sujet de recherche, tu peux ensuite construire des équations dans PubMed. Les MeSH terms permettent d'interroger la base de données grâce à l'indexation des articles. En effet, tous les articles sont indexés de mots clés. Utiliser le MeSH améliore la pertinence de la recherche.
Il est très souvent nécessaire de rédiger des équations « complexes » pour cibler les résultats souhaités. Tu pourras trouver de nombreux tutos, sur internet ou sur le site internet de ton université.
Les autres bases de données
D'autres bases de données bibliographiques sont disponibles:
La Cochrane Library : C'est une ressource payante sous abonnement. Il est nécessaire de passer par le site de votre université pour pouvoir y accéder. La Cochrane Library est une collection de sept bases de données alimentée par la Cochrane Collaboration, association internationale indépendante. Elle donne accès à une information de qualité à haut niveau de preuve mais qui dit sélectivité dans les contenus présents dit non exhaustivité des ressources. Les types de documents indexés sont surtout des revues systématiques et des méta-analyses.
Embase : Embase est une base biomédicale, comprenant, entre autres, des articles scientifiques, des essais cliniques, des revues de congrès et des revues systématiques. Tout comme la Cochrane, il s'agit d'une ressource payante sous abonnement.
Web of Science : C'est aussi une ressource payante sous abonnement, avec accès possible via le site de votre université.
Google Scholar : Moteur de recherche de Google permettant la recherche d'articles scientifiques quels qu'ils soient.
Vérifier la qualité d'un article
Identifier rapidement la qualité d'un article peut se faire sans être un as de la lecture critique d'article.
- Comment identifier rapidement un article de référence sur un sujet ? Le nombre de citations, c'est-à-dire le nombre de fois où un article a été cité par d'autres articles, peut permettre d'évaluer l'impact de la publication d'un document dans la communauté scientifique.
- Comment identifier rapidement une revue de référence dans un domaine?
- Facteur d'Impact (IF): Le facteur d'impact permet d'évaluer l'influence d'une revue scientifique dans un domaine grâce au nombre de citations des articles publiés. Il est devenu au fil des années un indicateur incontournable.
- Classement des revues en Quartiles : Dans une catégorie, une revue peut être classée dans le quart des revues qui ont le facteur d'impact le plus élevé (Q1), dans le deuxième quart (Q2) ou dans la seconde moitié des revues (Q3 et Q4). Ce classement est plus utile que simplement le facteur d'impact.
Réaliser et gérer sa bibliographie facilement
Click & Read
Pour accéder au texte intégral. Il s'agit d'une extension web gratuite qui s'installe facilement sur ton moteur de recherche. Il faut sélectionner ton établissement pour que l'extension fonctionne. L'extension repère alors les articles scientifiques accessibles par l'ensemble de vos établissements et affiche le bouton«cliquable» C&R qui permet d'ouvrir le document.
Gérer sa bibliographie : ZOTERO
Les logiciels de gestion des références bibliographiques t'aideront à gagner en efficacité pour collecter, organiser, citer, sauvegarder et partager des références.
Il existe plusieurs outils. Nous allons nous intéresser à Zotero.
Zotero est un logiciel gratuit, libre et open source. Ainsi, tu pourras continuer à l'utiliser même après la fin de l'internat. Il permet de stocker les articles et de les éditer sur Word au format Vancouver. Les références doivent, le plus souvent, être présentées selon les recommandations établies lors de la conférence de Vancouver. Cela permet d'uniformiser les données bibliographiques.
Pour utiliser Zotero, tu as besoin d'installer sur ton ordi :
- Le logiciel Zotero (téléchargement sur : https://www.zotero. org/download/).
- Le connecteur adapté à ton navigateur (Firefox, Chrome et Safari) : pour l'envoi des données entre ton navigateur et ta bibliothèque Zotero pour collecter des références.
- Le connecteur adapté à ton traitement de texte : pour l'envoi de données entre Zotero et ton traitement de texte quand tu souhaites faire des citations et des bibliographies automatiques.
Tu dois également te créer un compte sur Zotero.org (gratuit) pour synchroniser et partager tes données. Ce compte te permettra de retrouver tes données même si tu n'es pas sur ton ordinateur personnel.
Pour info, il faut vérifier la qualité des données importées. En effet, la compatibilité des plateformes avec Zotero n'est pas systématique. Généralement si Zotero a reconnu le bon type de document (icône pdf), les données collectées sont correctes. À l'inverse, si l'icône reste celle d'une page web, tu dois être particulièrement attentif. Une détection des doublonsest aussi possible.
Styles bibliographiques
Avec les logiciels de gestion des références bibliographiques, tu n'as plus besoin de te soucier du respect des normes de présentation des références. Une fois un style installé dans ton logiciel, la mise en forme de tes citations et de ta bibliographie se fait de façon automatique.
Zotero contient un répertoire très nombreux de styles bibliographiques. Le plus souvent, la norme bibliographique utilisée pour les thèses d'exercice est Vancouver (French, Canada).
Pour info, il est important de bien distinguer la présentation d'une citation (inclue dans le corps du texte) de celle d'une référence bibliographique (insérée dans la bibliographie à la fin du document).
Les standards pour la rédaction d'une bibliographie. Bibliothèques de l'Université de Genève [Internet]. [cité 19 oct 2020]. Disponiblesur: https://infotrack.unige.ch/lesstandards-pour-la-redaction-dunebibliographie.
Sensiblisation au droit d'auteur et plagiat
10 Conseils simples a retenir !
1. Paraphrase : "Si on reformule un extrait ou une idée avec ses propres mots, il faut quand même citer ses sources."
2. Citation en abîme : "Si un document en cite un autre, il est nécessaire d'indiquer la source originale et la source citée. On parle alors d'une double référence."
3. Traduction : "Le fait de traduire un texte ne change pas les règles de citation."
4. Auto-plagiat : "Il faut se citer soi-même quand on utilise son propre travail réalisé antérieurement."
5. Travail en groupe : "Quand un document réalisé à plusieurs contient du plagiat, tous les auteurs en sont responsables."
6. Images et graphiques : "On cite aussi ses sources quand on utilise des images, des graphiques ou des statistiques. "
7. Diaporama : "Les diaporamas utilisés pour les exposés doivent aussi comporter les références des sources utilisées."
8. Internet : "Les sources anonymes issues d'internet doivent aussi être référencées."
9. Notoriété publique : "Les connaissances générales (par ex. Paris est la capitale de la France) et les faits objectifs connus ne nécessitent pas de citation."
10. Détection des similitudes : "Cela prend plus de temps d'essayer de tromper un logiciel de détection que de citer correctement !"
Source : Dépliant_comment-éviterle-plagiat_Université-de-Lyon.pdf
Utiliser les intelligences artificielles : Maîtriser la machine
D'après le site internet Université Lyon 1, Le Tuto des BU, Bonus_: Tout sur l'IA_!
Il n'est désormais plus question de bannir l'utilisation de l'intelligence artificielle (IA). Elle s'est imposée dans la vie quotidienne comme dans la pratique professionnelle, et la question n'est plus de savoir comment travailler sans IA, mais comment l'utiliser de manière pertinente, responsable et sécurisée, tout en respectant les exigences de rigueur scientifique et d'intégrité académique.
Les outils d'IA générative (IAG) peuvent exposer l'utilisateur à plusieurs risques, notamment le plagiat. Les logiciels de détection de similarités sont en effet capables d'identifier des contenus générés par l'IA en les comparant à des sources existantes, d'autant plus que ces outils ne citent pas systématiquement leurs références.
Par ailleurs, les IAG peuvent produire des références bibliographiques erronées ou inexistantes, un phénomène connu sous le terme d'« hallucinations ». Il est impératif de vérifier systématiquement toute référence proposée par ces outils. Enfin, le contenu généré par une IA étant considéré comme produit par un tiers, son utilisation doit être transparente et encadrée.
Les IAG peuvent ainsi constituer une aide à la réflexion ou à la structuration des idées, mais la rédaction finale, l'analyse critique et la citation rigoureuse des sources relèvent de la responsabilité de l'interne.
Il convient enfin de rappeler qu'il existe différentes familles d'IA, aux usages et aux limites distincts, dont la connaissance est indispensable pour une utilisation éclairée dans un cadre universitaire et scientifique. En voici une liste non exhaustive.
Les IA génératives généralistes
Ces IA sont dites multimodales car elles permettent d'effectuer des actions variées sous différents formats : génération de texte, d'image ou de contenu vidéo.
Exemples :
CHATGPT, PERPLEXITY, DEEPSEEK, COPILOT, GEMINI, MITRAL AI.
À mon avis, elles sont clairement à éviter dans la recherche bibliographique.
Les IA génératives académiques
Ces IA sont dites multimodales car elles permettent d'effectuer des actions variées sous différents formats : génération de texte, d'image ou de contenu vidéo.Elles limitent les risques d'hallucinations (réponse fausse présentée comme un fait certain) et donnent plus de transparence sur les sources car elles puisent dans une base de connaissances composée de documents scientifiques.
Exemples :
Consensus, researchrabbit, asta, semantic scholar, elicit, scispace.
Les IA assistants
Parmi ces IA, certaines sont spécialisées pour la traduction. Bien que leurs capacités s'améliorent, elles ne sont pas toujours en mesure de traduire du vocabulaire spécialisé.
Exemples:
Deepl, reverso, google translate sont des IA spécialisées dans la traduction.
En ce qui concerne Notebook LM, il permet d'interroger l'IA sur un corpus de sources sélectionnées par tes soins. En début de rédaction, tu peux importer tes sources dans Notebook LM puis les questionner.
L'IA générera une réponse qui ne s'appuiera que sur les sources importées. Tu réduis ainsi le risque d'hallucinations. L'import de 50 sources simultanément est possible.
Cependant, il faut rester vigilant sur la qualité des réponses. Une analyse approfondie ne te dispensera pas de lire le texte intégralement ! De plus, la confidentialité des données n'est pas assurée.
Dans tous les cas, afin de limiter les risques d'erreurs et d'obtenir une réponse plus complète, il peut être judicieux de croiser les réponses en interrogeant avec la même question différentes IA. Dans tous les cas, mieux vaut ne jamais se fier uniquement à la réponse de l'IA.
IA & recherche documentaire
Si on sait comment les interroger, les IA peuvent se révéler utiles dans le cadre d'une recherche documentaire. Après avoir cerné ton sujet de recherche, la définition des "bons mots de recherche" est indispensable. L'IA peut soutenir cette réflexion et aider à trouver des synonymes, des termes plus généraux ou plus spécifiques, issus ou pas d'un dictionnaire de termes contrôlés (=thésaurus).
Après avoir déterminé ses mots clés, avec ou sans l'aide de l'IA, il faut les combiner en une équation de recherche.
Enfin, concernant les recherches bibliographiques, Les IA génératives académiques seront à privilégier car elles s'appuient sur un corpus de ressources scientifiques avec peer reviewing(revue par les pairs). En effet, les IA généralistes génératives peuvent être utilisées, mais le risque d'hallucinations (inventions de références bibliographiques qui n'existent pas) ou de ressources de faible qualité scientifique (blogs, contenus marketing, sites d'actualités), n'est pas exclu.
Conclusion
La réalisation d'une thèse de médecine repose avant tout sur une organisation progressive et une méthodologie adaptée. Définir un sujet clair, s'entourer des bonnes personnes et structurer efficacement sa recherche bibliographique sont des étapes clés pour mener à bien ce travail. Les outils d'intelligence artifi cielle peuvent aujourd'hui constituer une aide supplémentaire, notamment pour structurer les idées ou optimiser une recherche, à condition d'être utilisés de manière critique et encadrée, sans jamais se substituer à l'analyse personnelle.
J'espère que cet article t'a été utile, quelle que soit ton avancée actuelle dans ton projet de thèse de médecine. N'hésite pas à nous faire des retours par mail si tu as des questions particulières sur des sujets en particulier.
Clément ROUSSEAU
Interne en HGE
