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Recrutement FHF : Technicien biomédical en CDI à La Tronche

PROFESSION RECHERCHÉE

Technicien biomédical

TYPES DE CONTRATS

CDI

ÉTABLISSEMENT

FHF

RECRUTEUR

Mme. Linda Roussel

PUBLIÉE LE 2018-11-17

Détails de l'offre d'emploi Technicien biomédical à Isère, Auvergne-Rhône-Alpes, France

Descriptif de l'offre

un poste de bioinformaticien(ne) est à pourvoir sur le site du CHU Grenoble Alpes dans le cadre du projet AURAGEN


CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE
La plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire a pour objectif de produire à terme 18 000
équivalents génomes dans le cadre du projet AURAGEN : Auvergne Rhône Alpes Génomique. Le projet AURAGEN
est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Cette
plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire les acides nucléiques (ADN et/ou ARN),
préparer les librairies, et réaliser le séquençage d’exomes, de transcriptomes ou de génomes entiers.
La plateforme d’analyse bio-informatique AURAGEN est coordonnée par les équipes du Centre Léon Bérard et
du Centre Hospitalier Universitaire Grenoble-Alpes. Elle a pour objectif de gérer le flux de données, l’archivage,
l’analyse et la mise à disposition d’outil pour permettre l’interprétation médicale des données génomiques.

DÉFINITION GÉNÉRALE DU PROFIL

• Ce profil de poste s’adresse à un(e) ingénieur(e) informaticien(ne) expert(e) en bases de données et
ayant une expérience pratique dans la virtualisation et/ou la containerisation.
• Sa mission principale consistera en la prise en charge des données de séquençage brutes arrivant de la plateforme AURAGEN jusqu’au transfert des résultats, en passant par le suivi des analyses bio-informatiques.
• Le(La) candidat(e), en étroite collaboration avec l’administrateur système et les bioinformaticien(ne)s,
réalisera l’intégration des prototypes de pipelines dans des environnements virtualisés ou containerisés.

PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE
• Mise en place d’un système d’information permettant le suivi des analyses bio-informatiques réalisées
sur la plateforme AURAGEN
Intégration, urbanisation et gestion des données de séquençage et résultats
Participation aux développements de procédures pour l’archivage des données
Élaboration d’un système d’information permettant le suivi des opérations
Développement d’interfaces de suivi, visualisation et de management associées
Participation à l’automatisation du processus d’analyse global
Gestion des relations avec les autres systèmes d’information de la plateforme AURAGEN.
• Intégration des pipelines d’analyses par des techniques de virtualisation/containerisation
Création d’environnement virtualisé ou containerisé pour assurer à la fois la traçabilité et la reproductibilité des prototypes de pipelines
• Politique Qualité
Participe au processus qualité en lien avec l’ingénieur qualité de la plateforme AURAGEN

LIENS HIERARCHIQUES
• Les pilotes de la plateforme bio-informatique AURAGEN

LIENS FONCTIONNELS
• Les responsables médicaux et organisationnels de la plateforme
• Les membres de la plateforme bioinformatique
DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITÉS ASSOCIÉES

• Diplôme :

Titulaire d’un diplôme d’ingénieur ou de master 2 en informatique/bio-informatique.
Un minimum de 3 ans d’expérience est requis.

• Compétences requises
Maitrise des systèmes d’exploitation de type Linux / Unix
Forte expérience en base de données relationnelles

Connaissance d’environnements de développement (Spring, Hibernate, JSF, Maven)

Bonne connaissance des concepts de virtualisation (VMware, VirtualBox)

Bonne connaissance des concepts de containerisation (Docker, Singularity)

• Compétences appréciées mais non requises
Expérience dans le domaine de la biologie et/ou du séquençage de génomes
Expérience dans un environnement HPC
Expérience en développement Web
Expérience en base de données NoSQL (HBase, MongoDB, … )

• Capacités organisationnelles et interpersonnelle
Motivation et dynamisme
Organisation et rigueur
Autonomie et travail en équipe
Aptitude à communiquer/vulgariser son travail


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