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Recrutement FHF : Technicien biomédical en CDI à La Tronche

PROFESSION RECHERCHÉE

Technicien biomédical

TYPES DE CONTRATS

CDI

ÉTABLISSEMENT

FHF

RECRUTEUR

Mme. Linda Roussel

PUBLIÉE LE 2018-11-17

Détails de l'offre d'emploi Technicien biomédical à Isère, Auvergne-Rhône-Alpes, France

Descriptif de l'offre

un poste de Bioinformaticien(ne) est à pourvoir sur le CHU Grenoble Alpes dans le cadre du projet AURAGEN

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE
La plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire a pour objectif de produire à terme 18 000
équivalents génomes dans le cadre du projet AURAGEN : Auvergne Rhône Alpes Génomique. Le projet AURAGEN
est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Cette
plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire les acides nucléiques (ADN et/ou ARN),
préparer les librairies, et réaliser le séquençage d’exomes, de transcriptomes ou de génomes entiers.
La plateforme d’analyse bio-informatique AURAGEN est coordonnée par les équipes du Centre Léon Bérard et
du Centre Hospitalier Universitaire Grenoble-Alpes. Elle a pour objectif de gérer le flux de données, l’archivage,
l’analyse et la mise à disposition d’outil pour permettre l’interprétation médicale des données génomiques.
DÉFINITION GÉNÉRALE DU PROFIL

• Ce profil de poste s’adresse à un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) ayant une expérience pratique
dans l’analyse de données génomiques par NGS.
• Sa mission principale consistera en la mise en place de procédures robustes et automatisées pour
l’analyse de données de séquençage (WGS, WES et RNAseq) produites par la plateforme AURAGEN.
• En particulier, le(la) candidat(e) réalisera l’évaluation, l’implémentation, le test et le déploiement de
prototypes de pipelines d’analyse génomique dédiés au diagnostic et la prise en charge des cancers.
PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE
• Développement de prototypes de pipelines automatisés pour la détection de variations somatiques à
partir du séquençage de génome entier (ou exome) d’une tumeur et de son échantillon normal
apparié.
Benchmark de logiciels pour :
▪ l’alignement de séquences,
▪ la détection de variants (mutations ponctuelles, insertions/délétions, CNV)
▪ l’annotation automatique de variants
▪ l’enchainement automatique de tâches parallélisées
o Élaboration d’un pipeline automatisé prototype, et validation à partir des données tests
o Optimisation de la sensibilité et spécificité du pipeline
o Optimisation des performances logicielles pour limiter l’utilisation des ressources de stockage
et de calcul
• Suivi d’exécution des pipelines lors des premières analyses de la plateforme
Suivi et correction de problèmes informatiques
Adaptation aux flux de données de la montée en charge
Mise en place et automatisation des procédures de contrôle qualité des pipelines utilisés
• Politique Qualité
Participe au processus qualité en lien avec l’ingénieur qualité de la plateforme Auragen
LIENS HIERARCHIQUES
• Les pilotes de la plateforme bio-informatique AURAGEN
LIENS FONCTIONNELS
• Les responsables médicaux et organisationnels de la plateforme
• Les membres de la plateforme bio-informatique
DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITÉS ASSOCIÉES
• Diplôme :
Titulaire d’un diplôme d’ingénieur de master 2 ou d’une thèse en informatique/bio-informatique.
Un minimum de 2 ans d’expérience professionnelle est requis.
• Compétences requises
o Expérience en génomique et traitement de données de séquençage haut débit
o Maitrise des systèmes d’exploitation de type Linux / Unix
o Bonnes connaissances en algorithmique et programmation (langages usuels)
o Connaissance des outils de bases (samtools, GATK, bwa, ...)
• Compétences appréciées mais non requises
P 3/3
o Expérience en séquençage de génome complet (WGS)
o Expérience en génomique du cancer
o Expérience dans un environnement HPC
o Connaissance de langages de workflow (CWL, NextFlow, WDL, … )
o Virtualisation/Containerisation (Docker, Singularity)
• Capacités organisationnelles et interpersonnelles
o Motivation et dynamisme
o Organisation et rigueur
o Autonomie et travail en équipe
o Aptitude à communiquer/vulgariser son travail


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