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Recrutement FHF : Technicien biomédical en CDI à La Tronche

PROFESSION RECHERCHÉE

Technicien biomédical

TYPES DE CONTRATS

CDI

ÉTABLISSEMENT

FHF

RECRUTEUR

Mme. Linda Roussel

PUBLIÉE LE 2018-11-17

Détails de l'offre d'emploi Technicien biomédical à Isère, Auvergne-Rhône-Alpes, France

Descriptif de l'offre

un poste de Bio informaticien(ne maladies rares est à pourvoir sur le site du CHU Grenoble Alpes dans le cadre du projet AURAGEN

CARACTERISTIQUES GENERALES DU SERVICE/LABORATOIRE
La plateforme de séquençage très haut débit a visée sanitaire a pour objectif de produire a terme 18 000
équivalents génomes dans le cadre du projet AURAGEN : Auvergne Rhône Alpes Génomique. Le projet AURAGEN
est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Cette
plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire les acides nucléiques (ADN et/ou ARN),
préparer les librairies, et réaliser le séquençage d'exomes, de transcriptomes ou de génomes entiers
La plateforme d'analyse bio-informatique AURAGEN est coordonnée par les équipes du Centre Léon Bérard et
du Centre Hospitalier Universitaire Grenoble-Alpes. Elle a pour objectif de gérer le flux de données, l'archivage,
l'analyse et la mise a disposition d'outil pour permettre l'interprétation médicale des données génomiques.

DEFINITION GENERALE DU POSTE
. Ce profil de poste s'adresse a un(e) bio informaticien(ne) ayant une expérience pratique dans le
déploiement de pipelines d'analyses génomiques et dont la mission sera la mise en place des procédures
automatisées des analyses de données de génomique constitutionnelle produites par la plateforme
AURAGEN.
. Ingénieur(e) bio informaticien(ne) réalisant l'évaluation, le test et l'implémentation en routine de
prototypes de pipelines d'analyses de données génomiques issues de séquençage de nouvelle
génération pour le diagnostic et la prise en charge de maladies rares.
PRINCIPALES ACTIVITES DU POSTE
. Développement de prototypes de pipelines automatises pour la détection de variations germinales a
partir du séquençage de génomes entiers, base sur le travail existant concernant le séquençage
d'exome.
Benchmark de logiciels publics pour :
. l'alignement de séquences,
. la détection de variations (ponctuelles, insertions/délétions, CNV, SV)
. l'annotation de variations
. l'enchaînement automatique de taches parallélisées
o Elaboration d'fun pipeline automatise prototype, et validation avec des données tests du
consortium GIAB
Optimisation de la sensibilité et spécificité du pipeline
Optimisation des performances logicielles pour limiter les ressources de stockage, et de temps
de calcul
. Exécution des pipelines lors des premières analyses de la plateforme
Suivi et correction de problèmes informatiques
Adaptation aux flux de données de la montée en charge
Mise en place et automatisation des procédures de contrôle qualité des pipelines utilises
. Politique Qualité
o Participe au processus qualité en lien avec l'ingénieur qualité de la plateforme
LIENS HIERARCHIQUES
. Les pilotes de la plateforme bio-informatique
LIENS FONCTIONNELS
. Les responsables médicaux et organisationnels de la plateforme
. Les informaticiens impliques dans les différentes activités
DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITES ASSOCIEES
. Diplôme :
Titulaire d'fun diplôme d'ingénieur, de master 2 ou d'une thèse en informatique/bio-informatique.
Un minimum de 2 ans d'expérience professionnelle est requis.
. Compétences requises
Expérience en génomique et traitement de données de séquençage haut débit
o Maitrise des systèmes d'exploitation de type Linux / Unix
o Bonnes connaissances en algorithmique et programmation (langages usuels)
o Connaissance des outils de bases (samtools, GATK, bwa, ...)
P 3/3
. Compétences appréciées mais non requises
Expérience en séquençage de génome complet (WGS)
Expérience en génomique des maladies rares
Expérience dans un environnement HPC
Connaissance de langages de workflow (CWL, NextFlow, WDL, c )
Virtualisation/Containerisation (Docker, Singularity)
. Capacités organisationnelles et interpersonnelles
Motivation et dynamisme
Organisation et rigueur
Autonomie et travail en équipe
Aptitude a communiquer/vulgariser son travail


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